冷凍干燥機技術在生物工程、醫藥工業、食品工業、材料科學和農副產品深加工等領域有著廣泛的應用。冷凍干燥機在生物技術產品領域，凍干技術主要用于血清、血漿、疫苗、酶、抗生素、激素等藥品的生產;生物化學的檢查藥品、免疫學及細菌學的檢查藥品;血液、細菌、動脈、骨骼、皮膚、角膜、神經組織及各種器官長期保存等。
冷凍干燥機的設計過程中，應盡量滿足以下條件：
1、冷凍干燥機與制品活性成份接觸的任何表面材料，冷凍干燥機必需具有化學惰性、不吸附、不會增加任何可能導致改變制品活性成份，及制品組分的外來物質，不得降低制品質量。
2、冷凍干燥機的制造和安裝必須能為質量檢查、拆卸、清洗和維修保養提供方便，必須保證冷凍干燥機可靠性，能夠避免操作過程帶來的污染，能夠保持整批產品的理化特性、內在質量、效價和純度。
3、冷凍干燥機的制造還必須符合國家的衛生保健和安全操作等各種法規的要求。
4、為使冷凍干燥機正常運轉，設計中需考慮機械使用的物品，如油、潤滑油和熱交換液等，均以不得改變制品的活性成份及其組分的理化特性、量、效價和純度為原則。
5、節約能源。冷凍干燥機的主要缺點就是能耗高，因此，冷凍干燥機能源利用的指標應成為衡量凍干機綜合性能的一個重要內容。
